富士山の森林は標高ごとに4つのゾーンに区分され、それぞれのゾーンに特徴的な植物群落が存在する垂直分布と、大小さまざまな規模の噴火活動による、多様な歴史を持つ森林が局地的に混在する森林の観察地として例を見ない格好の自然環境です。

■森林限界〜針葉樹林プログラム
● 五合目〜御庭〜三合目コース（所要時間4時間程度）
火山の植物遷移と、富士山の亜高山帯の代表的な樹種であるコメツガ・シラビソの針葉樹林を巡るルートで、地衣や蘚苔類と共生しながら厳しい環境に適応し発達した原生林が見事です。
● 宝永火口〜御殿庭〜水ヶ塚・高鉢コース（所要時間3〜5時間程度）
針葉樹林からブナに代表される落葉広葉樹林まで植物が標高によって住み分けている富士山の森林を実感できるルートです。五合目から頂上までの富士登山では感じ得ない富士山の深い森を味わうことができます。

■森林限界〜針葉樹林プログラム
● 五合目〜御庭〜三合目コース（所要時間4時間程度）
火山の植物遷移と、富士山の亜高山帯の代表的な樹種であるコメツガ・シラビソの針葉樹林を巡るルートで、地衣や蘚苔類と共生しながら厳しい環境に適応し発達した原生林が見事です。
● 宝永火口〜御殿庭〜水ヶ塚・高鉢コース（所要時間3〜5時間程度）
針葉樹林からブナに代表される落葉広葉樹林まで植物が標高によって住み分けている富士山の森林を実感できるルートです。五合目から頂上までの富士登山では感じ得ない富士山の深い森を味わうことができます。

■寄生火山と火山荒原植物プログラム
● 宝永火山周辺コース（所要時間2時間程度）
富士山で最大級の噴火口の大きなスケールの景観と、最も新しい寄生火山である宝永火山周辺で植物群落に対する火山活動の影響について学びます。
● 双子山〜幕岩コース（所要時間4時間程度）
火山荒原の厳しい環境の中でも懸命に分布を広げようとする植物の営みと、大規模な富士山の火山活動を観察するルートです。

■ブナ林と青木ヶ原樹海プログラム
● 三合目〜青木ヶ原コース（所要時間2〜4時間程度）
精進湖口登山沿いには広大な原生林が存在し、青木ヶ原樹海へと続いています。長い時間をかけてできたブナの森と富士山で最も若い原生林である青木ヶ原を縦断もしくは横断することのできる複数のルートを設定しています。